Der Junge Naruto Uzumaki ist die Hauptfigur des Spieles. Naruto ist auf der Ninja Akademie in Konoha. Seine schulischen Leistungen an der Akademier sind nichts besonderes, da er meistens nur Blödsinn und Streiche im Kopf hat. Iruka, sein Lehrer zweifelt an seinem Talent und auch die Erwachsenen des Dorfes sind aufgrund seines Verhaltens meistens gegen ihn.
Doch Naruto will der oberste Ninja des Dorfes werden. Er verfolgt diesen Traum zielstrebig und schafft den Abschluß an der Akademie. Um oberster Ninja des Dorfes zu werden, muß Naruto sich Annerkennung und Ehre erkämpfen. Im Spiel muß man als Naruto verschiedene Aufgaben erfüllen um Erfahrung und Fähigkeiten zu erweitern. Es gilt Feinde zu bekämpfen, neue Techniken zu erlernen und den Kampfstil zu verbessern. Im Spiel kann man sich frei im Dorf Konoha bewegen, aber auch außerhalb des Dorfes sind einige Kämpfe zu bestehen. Das Spiel beginnt am Anfang der Naruto Geschichten und umfaßt ca. 80 Geschichten der Naruto Bücher.
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